Spotkanie, na którym powołano do życia Towarzystwo Miłoników Historii i Zabytków Krakowa odbyło się 21 listopada 1896 r. w siedzibie Archiwum Aktów Dawnych Miasta Krakowa przy ulicy Siennej 16. I właśnie lokal w tym budynku, udzielany bezpłatnie przez Archiwum, był przez bez mała pół wieku siedzibą Towarzystwa.
Zmarły w sierpniu 1938 r. członek-założyciel Towarzystwa Klemens Bąkowski zapisał w testamencie na rzecz Towarzystwa swojš kamienicę przy ulicy w. Jana 12, jednak do wybuchu wojny nie udało się jej przejąć, a w 1940 r. zajęły ją władze niemieckie. W 1945 r. budynek został uznany za opuszczone mienie poniemieckie i przekazany Robotniczemu Towarzystwu Przyjaciół Dzieci, co uniemożliwiło Towarzystwu objęcie własnej siedziby. Z tego powodu pierwsze powojenne posiedzenie Wydziału odbyło się 29 stycznia 1945 r. w budynku Archiwum na ulicy Siennej, tu też funkcjonowało Towarzystwo do 1952 r.
W 1947 r. Towarzystwo odzyskało prawa do kamienicy przy ul. św. Jana 12 i wynajęło budynek Muzeum Historycznemu Miasta Krakowa uroczyste przekazanie Muzeum wyremontowanej siedziby odbyło się 24 czerwca 1952 r.
Kiedy w 1953 r. Towarzystwo przeszło pod opiekę Polskiej Akademii Nauk oficjalnym adresem pozostała siedziba Archiwum przy ul. Siennej 16, faktycznie jednak działano w gmachu przy ul. Sławkowskiej 17 - tutaj odbywały się posiedzenia Wydziału, Walne Zgromadzenia i cotygodniowe odczyty.
Od 6 grudnia 1972 r. Towarzystwo dysponowało małym pokoikiem na parterze własnej kamienicy przy ulicy św. Jana, w którym pełnili dyżury pracownicy sekretariatu. W grudniu 1975 r. Muzeum częciowo wyprowadziło się z budynku rozpoczęto remont trzech pomieszczeń parteru, które wiosną 1976 r. przejęło Towarzystwo. Zorganizowano w nich biuro sekretariatu i księgowości, salkę posiedzeń Wydziału z bibliotekę podręczną oraz magazyn wydawnictw (w piwnicy). Pierwsze posiedzenie Wydziału we własnej siedzibie zwołano 11 maja 1976 r.
Towarzystwo przejęło cały budynek dopiero 31 marca 1990 r., kiedy Muzeum wyprowadziło się zupełnie. Pomieszczenia na pierwszym i drugim piętrze wraz z oficynę wynajęto Konsulatowi Generalnemu Republiki Austrii, który przeprowadził remont na własny koszt i płacił Towarzystwu godziwy czynsz do końca 1993 r. Wówczas Towarzystwo zajęło pokoje na pierwszym piętrze, pomieszczenia parteru i drugiego piętra są za wynajmowane.
W latach 2007-2009, dzięki dotacji ze Społecznego Komitetu Ochrony Zabytków Krakowa i przy udziale środków własnych, został przeprowadzony remont konserwatorski elewacji budynku, który pozwolił odzyskać naszej siedzibie właciwy stan techniczny i dawną świetność. W 2017 r. dzięki dotacjom ze Społecznego Komitetu Ochrony Zabytków Krakowa i Gminy Miasta Krakowa i przy udziale środków własnych przeprowadzono remont konserwatorski piwnic.
Opracowano na podstawie publikacji: Wiesław Bieńkowski, Strażnicy dziejów miasta narodowej pamięci. Towarzystwo Miłoników Historii i Zabytków Krakowa w latach 1896-1996, Biblioteka Krakowska 137, 1997; Dom Towarzystwa Miłoników Historii i Zabytków Krakowa przy ul. św. Jana 12, pod red. W. Komorowskiego, Biblioteka Krakowska 158, 2013 oraz rocznych sprawozdań z działalności Towarzystwa.
