Popularyzacja wiedzy o historii Krakowa to jedno z najważniejszych zadań Towarzystwa. W statucie przyjętym przez pierwsze Walne Zgromadzenie 6 stycznia 1897 r. w §2 wpisano, że środkiem do realizacji zadań Towarzystwa jest m.in. wydawanie czasopism i publikacji. Planowano natychmiast przystąpić do wydawania popularnie ujętych ilustrowanych broszur, stanowiących monograficzne opracowania poszczególnych zabytków kościelnych oraz świeckich, biogramów wybitnych osobowości bądź wydarzeń historycznych. Uznano za konieczne przygotowanie w pierwszym rzędzie popularnie ujętej historii Krakowa, na później odłożono równie potrzebne gruntowne źródłowe badania nad dziejami miasta. Przedstawiony przez Komisję Redakcyjną czyli Wydawniczą 18 maja 1897 r. plan wydawniczy obejmował dwa stałe tytuły - organ naukowy "Rocznik Krakowski" (ukazujący się od 1898 r.) i serię publikacji o charakterze popularnonaukowym "Biblioteka Krakowska" (wydawana od 1897 r.). W 1912 r. utworzono fundusz specjalny, który miał być przeznaczony na koszty naukowej edycji źródeł historycznych do dziejów miasta.
Kolportaż wydawnictw Towarzystwa prowadziły trzy renomowane krakowskie księgarnie: Spółki Wydawniczej Polskiej (Rynek Główny 34), Gebethnera i Wolffa (Rynek Główny 23) oraz S.A. Krzyżanowskiego (Rynek Główny 36). Członkowie Towarzystwa otrzymywali wszystkie publikacje bezpłatnie - z zasady tej zrezygnowano w 1923 r. ze względu na nienajlepszy stan finansów Towarzystwa, wprowadzając jedynie 50% zniżki. "Rocznik Krakowski" i tomy "Biblioteki Krakowskiej" były sprzedawane na zasadzie prenumeraty osobom i instytucjom z całej Europy, czasem przekazywano je z dużym rabatem lub nawet bezpłatnie. Od 1920 r. wydawnictwa były przechowywane w Księgarni Gebethnera i Wolffa, która zajmowała się ich kolportażem wysyłkowym. Rezygnacja z bezpłatnych egzemplarzy dla członków spowodowała wzrost ilość wydawnictw zalegających w magazynie, czemu próbowano zaradzić organizując wyprzedaże okolicznościowe i przekazując bezpłatnie zainteresowanym instytucjom.
Po wojnie wprowadzono dla członków 25% zniżki na publikacje, które przekazywano także bezpłatnie do instytucji naukowych w kraju i zagranicą. Od 1976 r. magazyn wydawnictw znajduje się w siedzibie Towarzystwa przy ulicy św. Jana 12.
Późniejsze inicjatywy wydawnicze Towarzystwa także zyskały uznanie krakowian - w latach 1952-1978 opublikowano dwadzieścia popularnonaukowych zeszytów "Kraków dawniej i dziś", od 1983 r. ukazują się materiały z corocznych sesji naukowych "Kraków w dziejach narodu". Począwszy od 1993 r. Towarzystwo rozpoczęło wydawanie źródeł do dziejów miasta w serii "Fontes Cracovienses" (od 2003 r. równolegle funkcjonuje seria "Cracovienses Fontes Minores"). Okolicznościowe wydawnictwa zostały opublikowane przez Towarzystwo w 2007 r. w związku z jubileuszem 750-lecia lokacji miasta Krakowa na prawie magdeburskim.
Od końca XIX wieku Towarzystwo wydało blisko 300 publikacji, a nakład większości z nich jest już wyczerpany. W ramach współpracy z Wojewódzką Biblioteką Publiczną w Krakowie rozpoczęto digitalizację wydawnictw Towarzystwa, które stopniowo będą umieszczane w Małopolskiej Bibliotece Cyfrowej, z której zasobów można korzystać nieodpłatnie pod adresem www.mbc.malopolska.pl Wydawnictwa i końcówki serii można kupić osobiście w siedzibie Towarzystwa przy ul. św. Jana 12 oraz drogą elektroniczną (w sklepie internetowym Towarzystwa).
Opracowano na podstawie publikacji: Wiesław Bieńkowski, Strażnicy dziejów miasta narodowej pamięci. Towarzystwo Miłośników Historii i Zabytków Krakowa w latach 1896-1996, Biblioteka Krakowska 137, 1997.