W statucie przyjętym przez pierwsze Walne Zgromadzenie 6 stycznia 1897 r. w §8 precyzyjnie opisano zarząd Towarzystwa. Wydział przez pierwsze trzy lata składał się z dziesięciu członków - w 1899 r. Walne Zgromadzenie zwiększyło ich liczbę do dwudziestu, obecnie składa się z 18-21 członków. Dodatkowo do Wydziału wchodzą członkowie honorowi. Kadencja władz trwa jeden rok, co roku ustępuje 1/3 członków Wydziału, którzy jednak mogą zostać ponownie wybrani. Wydział wybiera ze swego grona prezesa (do 1914 r. używano określenia przewodniczący), wiceprezesa (do 1914 r. zastępca przewodniczącego, od 1947 r. dwóch), sekretarza i podskarbiego (od 1921 r. skarbnika). Wydział działa kolegialnie, ale do spraw szczególnych wybiera osobne Komisje. Na zewnątrz Towarzystwo reprezentuje prezes lub wiceprezes, pisma podpisuje prezes względnie wiceprezes i sekretarz. Wydział dysponuje środkami finansowymi Towarzystwa, z których wykorzystania rozlicza się przed Komisją Kontrolującą (po 1945 r. Rewizyjną), która sprawdza także zgodność działań Wydziału ze statutem.
Pierwsze komisje wydziałowe powołano w styczniu 1897 r. - Odczytową, Redakcyjną czyli Wydawniczą, Muzealną (dla gromadzenia zbiorów przyszłego Muzeum Miejskiego), Konserwatorską i Programową. W trakcie działalności powoływano komisje do wykonania konkretnych działań:
1897 - komisja zajmująca się zachowaniem kształtu tradycyjnej szopki krakowskiej, potem jej zadania rozszerzono także na opiekę nad innymi obchodami dorocznymi (Emaus, Rękawka, Lajkonik),
1897 - komisja do spraw nazw ulic i placów,
1900 - komisja do opracowania monografii Kościoła Mariackiego (z pomysłu zrezygnowano na rzecz zbiorowego opracowania dziejów kultury Krakowa, zamieszczonego w 6 tomie "Rocznika Krakowskiego"),
1901 - komisja zajmująca się organizowaniem wycieczek po Krakowie dla gości zagranicznych i młodzieży szkolnej,
1904 - komisja dla przygotowania edycji zabytków dawnej krakowskiej muzyki świeckiej, miała się też zająć, we współpracy z Towarzystwem Muzycznym w Krakowie, organizowaniem koncertów dawnej muzyki polskiej, zwłaszcza kompozytorów krakowskich,
1903 - Komisja Wawelska (Wawelowa), której zadaniem było, wobec planów umieszczenia Muzeum Narodowego w odnawianym Zamku, wskazanie innej siedziby dla tej instytucji,
1914 - Komisja Inwentaryzacyjna Dzwonów Krakowskich, powstała w związku z rekwizycją surowców potrzebnych na cele wojenne m.in. dzwonów i miedzianych pokryć dachów.
Po 1918 r. działalność komisji wydziałowych zamarła, do zmian organizacyjnych doszło na posiedzeniu Wydziału 19 czerwca 1928 r., kiedy to powołano komisje - Redakcyjną, Odczytową, Konserwatorską, Nazewnictwa Ulic i Muzealną. W 1935 r. powołano Komisję Odczytów dla Młodzieży.
W okresie wojny Towarzystwo zostało rozwiązane, jednak członkowie Wydziału spotykali się w mieszkaniu prezesa Józefa Muczkowskiego, aż do jego śmieci w grudniu 1943 r. Na pierwszym powojennym posiedzeniu Wydziału 29 stycznia 1945 r. wybrano nowego prezesa, jednak na najbliższym Walnym Zgromadzeniu 6 lutego 1947 r. dokonano wyboru Wydziału w pełnym składzie.
Komisje wydziałowe zaczęły aktywnie działać w latach 60-tych. W 1965 r. powołano Komisję Wydawniczą, w 1967 r. Odczytową, Konserwatorską, Upowszechniania Wydawnictw i Informacyjną. Aktywnie działała Komisja ds. Młodzieży, współpracująca z Młodzieżowym Domem Kultury w Krakowie. Od 1977 r. w ramach Komisji Konserwatorskiej działały podkomisje: Nazewnictwa, Ewidencji i Kart Krajobrazowych, Interwencyjna, Fotografiki.
Uchwałą Wydziału z 21 stycznia 1971 r. komisją wydziałową stał się Komitet Opieki nad Kopcem Kościuszki. Na posiedzeniu Wydziału 15 października 1980 r. jako komisja powstał Obywatelski Komitet Opieki nad Kopcem Józefa Piłsudskiego. Komisją powołaną przez Wydział 2 grudnia 1981 r. był Komitet Opieki nad Zabytkami Kultury Żydowskiej.
W 1986 r. (działała do 1993 r.) powstała Komisja Archiwalna, mająca gromadzić dokumenty, relacje, wspomnienia i świadectwa współczesnych do dziejów Towarzystwa i spraw krakowskich.
Obecnie funkcjonują następujące komisje wydziałowe: Konserwatorska, Odczytowa, Wydawnicza, ds. kontaktów z młodzieżą, Komitet Opieki nad Kopcem Józefa Piłsudskiego oraz Komitet Opieki nad Zabytkami Kultury Żydowskiej. Został powołany oficjalny rzecznik Towarzystwa.
Sprawozdania roczne z działalności Towarzystwa, pokazujące działalność Wydziału, Komitetów i Komisji publikowane są w "Roczniku Krakowskim".
Władze Towarzystwa wybrane na Walnym Zgromadzeniu 9 kwietnia 2024 r., ukonstytuowane na posiedzeniu Wydziału w dniu 11 kwietnia 2024 r.:
Prezes - prof. dr hab. Jacek Purchla
Wiceprezesi - prof. dr hab. Zdzisław Noga, Michał Niezabitowski
Sekretarz - dr Kamila Follprecht
Skarbnik - Andrzej Fischer
Członkowie Wydziału - dr Zbigniew Beiersdorf, prof. dr hab. Piotr Dobosz, mgr Mateusz Drożdż, dr Marcin Gadocha, dr Karolina Grodziska, dr inż. Jan Janczykowski, mec. Stanisław Kłys, mgr Piotr Krasnowolski, mgr Zbigniew Krzysztyniak, mgr Konrad Myślik, prof. dr hab. Jacek Popiel, prof. dr hab. Ewa Przyboś, dr hab. prof. nzw. Mieczysław Rokosz, prof. dr hab. Łukasz T. Sroka, mgr inż. Andrzej Tombiński, ks. prof. dr hab. Jacek Urban
Komisja Kontrolująca - mgr Barbara Biel (przewodnicząca), mgr Jan Dziura (wiceprzewodniczący), mgr Lesław Dykacz, mgr Emilia Marcinek-Marek, mgr Aleksandra Marzec
Komitet Opieki nad Kopcem Józefa Piłsudskiego - przewodniczący Andrzej Fischer
Komitet Opieki nad Zabytkami Kultury Żydowskiej - przewodniczący prof. dr hab. Łukasz T. Sroka
Komisja Konserwatorska - przewodniczący dr inż. Jan Janczykowski
Komisja Wydawnicza - przewodniczący prof. dr hab. Zdzisław Noga
Komisja Odczytowa - przewodnicząca prof. dr hab. Ewa Przyboś
Komisja ds. Młodzieży - dr Marcin Gadocha
Rzecznik Prasowy - dr Joanna Dziadowiec-Greganić
Górny rząd na schodach od lewej: dr Waldemar Komorowski, Andrzej Fischer (skarbnik Towarzystwa), Piotr Hapanowicz (przewodniczący Komisji ds. Młodzieży), Krzysztof Czyżewski
Stoją od lewej: Konrad Kołodziejczyk (Kierownik Biura Towarzystwa), Michał Kozioł, dr Jerzy Duda, prof. Zdzisław Noga (Wiceprezes Towarzystwa), dr Jerzy Bukowski (przewodniczący Komitetu Opieki nad Kopcem Józefa Piłsudskiego), prof. Piotr Dobosz, prof. Mieczysław Rokosz, Michał Niezabitowski (Wiceprezes Towarzystwa), Konrad Myślik (Rzecznik Prasowy), dr Zbigniew Beiersdorf (przewodniczący Komisji Konserwatorskiej), prof. Bogusław Krasnowolski, Jan Dziura
Siedzą od lewej: prof. Ewa Przyboś (przewodniczący Komisji Odczytowej), Olga Dyba, dr Kamila Follprecht, prof. Jacek Purchla (Prezes Towarzystwa), prof. Jerzy Wyrozumski, Bogusława Siwadłowska, Barbara Biel, Anna Wiśniewska (Główna Księgowa Towarzystwa)
Do pobrania:
Opracowano na podstawie publikacji: Wiesław Bieńkowski, Strażnicy dziejów miasta narodowej pamięci. Towarzystwo Miłośników Historii i Zabytków Krakowa w latach 1896-1996, Biblioteka Krakowska 137, 1997 oraz rocznych sprawozdań z działalności Towarzystwa.